Examinando por Materia "Pipeline"

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    PublicaciónAcceso abierto
    Diseño e implementación de un flujo de trabajo bioinformático en la nube para la identificación de variantes oncogénicas a partir de datos genómicos
    (Universidad EIA, 2019) Varela Tabares, Daniela; Flórez Zapata, Nathalia María Vanessa; Arango Ossa, Juan Esteban
    La secuenciación de alto rendimiento (NGS, por sus siglas en inglés) revolucionó el campo de la genómica al reducir los costos y aumentar la velocidad del proceso drásticamente. Como consecuencia, la cantidad de secuencias de ADN ha aumentado exponencialmente, y cada día se desarrollan nuevas herramientas y aplicaciones para su procesamiento. Esto ha incrementado la demanda de infraestructura de cómputo y almacenamiento, que permita analizar tal volumen de información. El verdadero valor de estos datos se materializa cuando arrojan información médica relevante en escalas de tiempo aceptables, para su aplicación en el diagnóstico y tratamiento de enfermedades asociadas a alteraciones del genoma, como el cáncer. Sin embargo, la posibilidad de acceder a una infraestructura propia de computación de alto rendimiento, para lograr la transformación de los datos, se ve limitada por sus costos. Es aquí donde la computación en la nube se presenta como una opción atractiva, particularmente por su modelo de facturación bajo demanda, en el que se paga únicamente por los recursos usados. En este trabajo se expone el proceso para lograr la implementación de un flujo de trabajo bioinformático en la nube para la detección de variantes oncogénicas, desde la selección del proveedor del servicio de computación hasta la validación de las variantes genéticas encontradas. Incluyendo múltiples etapas de levantamiento de requerimientos, codificación, diseño y documentación, como se realiza en las metodologías ágiles para el diseño de software, cuyos principios fueron adoptados para el desarrollo. Para la infraestructura de computación en la nube, se escogió Amazon Web Services, un proveedor del servicio. Luego se diseñó el flujo, definiendo entradas, procesos intermedios, salidas y herramientas a utilizar en cada paso; y se seleccionaron los archivos de entrada de una base de datos pública. Los diferentes pasos se conectan a través de Isabl, un marco de trabajo para el manejo de datos NGS, que administra los metadatos y gestiona las tareas, desplegado en la nube utilizando el servicio ECS para la orquestación de contenedores. Adicional a este, se utilizó EC2 para el procesamiento y EFS para el almacenamiento, entre otros servicios. La implementación fue realizada con éxito, se validaron las variantes genéticas encontradas respecto a estudios relacionados y se reportan gráficamente los resultados, lo que facilita la interpretación de estos y le genera un valor adicional al proyecto. Se analizaron los costos asociados al proceso y se comparó con el servicio ofrecido por un centro de computación de alto rendimiento colombiano, mostrando la viabilidad de la computación en la nube para este tipo de desarrollos a corto plazo y pequeña escala.
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    PublicaciónAcceso abierto
    Dispositivo basado en robótica suave para evaluación de cavidades de difícil acceso
    (Universidad EIA, 2020) Sánchez Angarita, Jordi Neil; Montoya Góez, Yesid
    RESUMEN: En la actualidad los endoscopios son dispositivos semi rígidos con capacidad de flexión en su extremo, para ingresarlo se impulsa desde su parte posterior y con la flexión del extremo anterior se guía por el trayecto del dispositivo. Uno de los riesgos de esta práctica es el daño que se le puede causar a las paredes del tracto digestivo durante el ingreso del endoscopio. En este trabajo de grado se presenta el desarrollo un dispositivo a escala basado en robótica suave con la capacidad de desplazarse dentro de cavidades de difícil acceso (ductos) a través de movimientos suaves y peristálticos con el fin de hacer una evaluación del interior de dichas cavidades, con la ayuda de una cámara en su extremo. También se espera automatizar parcialmente el movimiento del robot para así reducir el trabajo manual que se debe hacer para realizar su ingreso. El desarrollo de este proyecto tiene fases de diseño, modelación, simulación y prototipado.